编者按：新《公司法》修订后新增了多项股东法律责任，越来越多的股东通过减资、股转、注销公司等方式规避法律风险，但由此也将引发一系列股东涉税风险。此外，《公司法》修订也再次引发了社会各界对公司治理等问题的热烈讨论，很多公司长期以来在业务、财务处理方面存在瑕疵，例如股东与公司资金往来密切甚至资金混同，这些公司治理顽疾同样隐藏着严重的涉税风险。新公司法时代，股东如何做好前期税务合规管理，妥善防范涉税风险，已经成为不可回避的话题。本文将结合实际案例，深入分析如何通过税务专项咨询、税务健康检查、税务自查整改以及税务稽查应对，帮助股东防患涉税风险于未然。

一、股转价格变动申请退税专项咨询案例解析

（一）案情简介

2016年，A公司与B公司股东签订了《业绩补偿协议》，约定由A公司收购胡某等人所持有的B公司合计62%的股权，并由胡某等人对B公司2016-2018年度的净利润做出承诺，若B公司未能达到目标，则胡某等人需要就利润不足部分进行现金补偿。2019年进行清算时发现B公司2016年度至2018年度的合计净利润为负5000余万元，未能达到约定利润，胡某等人需进行业绩补偿，金额共计约2亿元。由于胡某等人已在2016年度缴纳了股权转让部分的个人所得税，因此胡某等人支付业绩补偿后，希望能够向税务机关申请办理退税，遂联系律师协助办理此事。

（二）主要风险点

1、部分税务机关认为取得现金补偿与股权转让行为无关，不能调整股权转让价款。

2、没有政策明确支持对赌协议的退税申请，导致实际执行层面申请退税存在较大难度。

（三）风险防范路径

律师介入后，为胡某等人书写了《咨询意见书》，对退税申请事宜进行了分析：

从民事法律的角度来看，《全国法院民商事审判工作会议纪要》（简称“《九民纪要》”）对“对赌协议”进行了定义，将其描述为一种在股权融资协议中，为了解决交易双方对未来公司发展的不确定性、信息不对称和代理成本问题而设计的协议。并指出该协议通常包含股权回购、金钱补偿等条款，用于对未来目标公司的估值进行调整。从文义解释角度出发，《九民纪要》表明，对赌协议应被视为一次整体交易，而非两个独立的交易，其后续的回购或补偿行为是对初始交易估值的调整。

从税法的角度来看，税法对法律关系的界定以民商法为基础，原则上应当尊重、认可、承继民商法已经确定的法律关系和法律事实。除有例外规定，不能任意改变民商法已经认定的法律关系。根据对赌支付经济补偿，民法已经认可属于对股权转让价格的调整，税法也应当相应地处理。

从税法基本原则来看，根据税收中性原则，税法应当避免对市场主体的经济行为产生不必要的干预。税收政策应当尽量保持中立，这意味着税法在设计和实施时，应当考虑到交易双方意图实现的经济实质，确保税收的公平性和效率。根据对赌协议支付的经济补偿本质上为了调整股转价格，并没有拆分出两个交易，税法不应过度干预，违背交易实质加重市场主体的纳税负担，给市场交易造成阻碍。

实践中，亦有部分税务机关认可此观点。例如海南省地方税务局于2014年5月发布的《关于对赌协议利润补偿企业所得税相关问题的复函》（琼地税函〔2014〕198号）中载明，“在该对赌协议中取得的利润补偿可以视为对最初受让股权的定价调整，即收到利润补偿当年调整相应长期股权投资的初始投资成本。”可见，海南省地税局认为利润补偿是对股权转让定价的调整，据此可以推断，有对赌协议的股权转让本质上属于附条件的民事法律行为，股权转让价款在股权协议签署当期并未确定，只有达成对赌条件成就或不成就的条件，才能最终确定股权转让价款。也即前期支付的股权转让价款并不属于确定的计税依据，只有在相关条件出现时，计税依据才能明确，纳税义务才能最终确定。为保障国家税收利益，前期已经针对不确定的计税依据征税的，后期当然应当在计税依据确定时重新审定纳税义务，并据实补税或退税。

（四）案件启示

因对赌交易造成股权价格变动而向税务机关申请退税在实践中存在较大难度，因此股东在进行对赌交易前，应及时与当地税务机关沟通，并明确股权交易的纳税申报，若税务机关准予适用事先裁定机制的，可以采用事先裁定机制明确交易安排的税务处理。

此外，在办理申请退税的过程中，可能面临税务机关拒绝办理的情形，则股东应当对对赌交易完全进行充分论证，并说明办理退税的合法性及正当性，引用实践中已有税务局支持股东办理退税的案例，为己方观点提供支撑。

二、加计扣除研发费用专项税务健康检查案例解析

（一）案情简介

华某科技有限公司是一家主要从事新能源技术的研发和应用的企业，取得了高新技术企业资格认定。根据国家对高新技术企业的税收优惠政策，华某科技在2019年至2021年期间申报了研发费用加计扣除。由于华某公司面临新一轮的高新技术企业认定及新股东的投资，需要筛查企业潜在税收风险，因此华某科技公司委托外部专业服务机构对企业的涉税事项进行健康检查。华某科技提供详细的研发项目资料和费用明细。

（二）主要风险点

1、资料留存不完整：部分高新技术企业的财务管理存在不足，导致部分资料未能妥善保存或记录不全。这种资料缺失不仅可能影响税务机关对企业研发费用真实性的核实，还可能导致企业在税务审计时无法提供必要的证据，从而面临无法享受税收优惠或需要补缴税款的风险。

2、项目列支不规范：在研发费用加计扣除的实践中，部分企业可能由于对政策理解不足或内部管理不到位，导致在列支加计扣除项目时出现违规行为。包括将不符合加计扣除条件的费用项目错误地计入研发费用，或者在费用归集和核算过程中缺乏必要的准确性和合理性。例如，企业可能将与研发活动无直接关联的常规运营成本、市场调研费用、或非研发人员的薪酬等错误地纳入研发费用。

（三）风险防范路径

律师团队首先对华某科技的研发项目和费用进行了全面检查，发现企业存在以下几方面的问题，建议企业整改后再申请加计扣除。

（1）研发资料未进行留存，不符合加计扣除标准。华某科技在2019—2021年未将研究决议文件、开发项目计划书、研发支出辅助账等资料留存备查，不符合规定的研发支出加计扣除，可能被认定为存在编造虚假计税依据的行为。

（2）存在多列研发费用的行为。华某科技在部分不含黄金的研发产品中，加计扣除了黄金的相应成本，构成多列研发费用加计扣除近80万元；同时，华某科技存在领用的部分研发原料，在生产时又投入到正常的生产线中，未实际投入研发，导致多计研发费用，存在被认定为偷税的风险。

（3）列支非研发人员工资、社保费用、公积金于研发费用加计扣除。华某科技列支非研发人员工资、社保费用、公积金于研发费用中进行加计扣除，合计金额近90万元。

（4）其他存在未代扣代缴个人所得税的行为。华某科技为股东贺某个人消费支出12余万元，在企业所得税前列支，且未申报个人所得税。企业为股东个人消费支出的，应当视同分红，企业应代扣代缴个人所得税。

（四）案件启示

对企业而言，应当严格遵守税收法规。企业在享受税收优惠政策时，必须确保其申报的研发费用完全符合国家规定的标准和条件。任何不符合规定的费用归集和扣除都可能导致税务风险。企业应建立健全的研发费用管理和内部控制体系，确保研发项目的立项、执行、费用归集和核算等各个环节都有明确的记录和规范的操作流程。在申报研发费用加计扣除时，应留存所有相关的研究决议文件、项目计划书、研发支出辅助账等证明材料，以便在税务审计时提供充分的证据。

此外，定期开展税务健康检查对企业至关重要，它有助于识别潜在的税务风险，确保税务合规，避免不必要的罚款和信誉损失。通过专业的税务审查，企业可以优化税务策略，合理规划财务，提升经营效率，同时为未来的投资决策提供坚实的税务基础。

三、拟上市公司代持股还原税务自查案例解析

（一）案情简介

2005年A公司创立时，甲将7.6%的股权交由胞弟乙代持，丙同样将5.4%的股权交由乙代持，但乙和丙之间不存在亲属关系。A公司在进行IPO过程中，面临股权代持关系解除的问题，在股权代持还原的过程中，未进行申报纳税，税务机关要求企业进行自查，因此A公司联系律师协助进行此次税务自查。

（二）主要风险点

实践中，部分税务机关认为，根据2014年发布的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号，以下简称“67号文”）第3条的规定，代持股还原实际上是股权转让的过程，应当进行申报纳税。代持股还原未申报纳税行为，可能遭到纳税调整，甚至存在被认定为偷税的风险，面临行政责任及刑事责任。

（三）风险防范路径

根据2016年A公司的财务报表显示，其净资产为6600万元。按净资产法计算股权转让价格，扣除股权原值，乙需要申报缴纳个人所得税120余万。律师介入后对于本案的争议交易进行了分析，提出如下意见：

首先，67号文规定个人转让股权的行为涉及个人所得税纳税义务。具体来说，个人将股权转让给其他个人或法人，包括出售股权、公司回购股权以及其他股权转移行为，都被视为股权转让，从而产生个人所得税的纳税义务。但从权利转移角度出发，代持股还原并未发生权利的转移。在代持股还原的过程中，股权的控制权始终由实际股东掌握，名义股东仅作为工商登记的名义持有人。因此，代持股还原中的工商登记变更仅有对抗第三人的意义，不发生股权权属转移的法律效果。鉴于现行税法并未对代持股还原的税务处理作出明确规定，我们不应仅仅基于形式上的股权登记变更，就将其等同于股权转让行为，从而认定其具有纳税义务。

其次，实质课税原则出发，代持股还原不应被视为应税行为。根据所得税的征税原理，有所得才有纳税义务。实质课税原则强调依据纳税人经营活动的实质而非表面形式予以征税。在代持股还原的过程中，名义股东向实际股东“转让”股权仅为表象，或者说是解除委托持股关系的一种手段，目的在于使股权登记由名义股东变更为实际股东，实现权利外观与经济实质的统一。按照实质课税原则，由于代持股还原未改变实际股东享有投资权益的经济实质，因此代持股还原的股权变更不构成股权转让，该经济行为不产生股权转让所得，也无需缴纳个人所得税。

再次，对于乙为甲代持的7.6%股权，律师认为，即使将代持股还原视同为股权转让，也应当准予甲和乙之间以低价或零对价的形式进行。根据67号文第13条的规定，兄弟姐妹之间股权转让收入明显偏低，视为有正当理由。因此乙可以零对价还原为甲代持的股权，无需缴纳个人所得税。

最后，对于乙为丙代持的5.4%股权，律师认为，若将代持股还原视同为股权转让，则其是否需要缴纳个人所得税存在争议。67号文13条兜底条款规定了其他合理情形下股权转让收入明显偏低，视为有正当理由。但实践中不同地区税务机关对于代持股权是否属于“其他合理情形”存在不同理解，因此，股东应与税务机关进行充分沟通，以明确低价或零对价转让股权的合理性。

（四）案件启示

首先，股东和公司必须清晰理解代持股还原在税务处理上的复杂性。围绕代持股还原是否构成股权转让，以及是否触发个人所得税的缴纳义务，业界一直存在争议。在处理此类问题时，股东应主动与税务机关建立良好的沟通渠道，并准备详尽的证据和论证材料。鉴于各地税务机关对代持股还原的处理可能存在差异，保持开放的沟通态度尤为重要。股东应准备充分的文件和论据，以便税务机关能够全面理解公司的立场和需求。

其次，税务自查是预防税务稽查风险的关键措施。面对税务机关的自查要求，企业应积极响应，主动识别并解决潜在的税务问题，防止风险的扩散。在处理复杂的税务问题时，企业应考虑聘请专业的税务顾问或律师团队，以确保税务处理的合规性和专业性。

四、股权转让价格明显偏低的税务稽查案例解析

（一）案情简介

2004年，受B公司委托，A公司从国土房产局处通过公开拍卖，竞得一块宗地。2005年，A公司将土地使用权变更至B公司名下。次日，B公司向国土房产局申请，以其名义对涉案地块进行土地登记。2007年，B公司因资金困难、无力支付涉案土地出让金，向国土房产局申请，与C公司成立合资公司共同开发涉案地块，申请获得批准。

2007年，B公司和C公司签订《合作协议书》，约定：由两方共同设立D公司作为涉案土地的开发主体，并由D公司取得所属地块国有土地使用证。随后，B公司需将其持有的D公司股权全部转让至C公司名下，并约定转让溢价款为1.3亿余元。一周后，两方共同成立D公司，其中B公司占比20%。次日，C公司支付了地块土地出让金12亿元，并于8月2日取得《国有土地使用证》。当月，B公司依照《合作协议书》将其持有的D公司20%股份转让给C公司。2014年，当地税务局认为认定B公司的股权转让行为属于以“股权转让”之名隐瞒土地转让之实，对B公司展开稽查。

（二）主要风险点

B公司的股权转让行为构成对国有土地使用权的转让，应缴纳土地增值税。

（三）风险防范路径

在税务机关对B公司进行稽查的初期阶段，律师团队即介入案件，与税务机关展开了多次深入沟通。

首先，税务机关依据《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）、《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函〔2009〕387号）以及《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函〔2011〕415号）三个批复，认定B公司的股权转让行为应征收土地增值税。然而，这些批复均为个案性质，不具备普遍适用的法律效力。2012年，福建省地方税务局在回应公众咨询时也确认了这一点，指出“国税函〔2000〕687号文件属个案批复，未抄送我省。根据《土地增值税暂行条例》及其实施细则，纯股权转让原则上不征土地增值税。具体应由当地主管地税机关根据实际情况判定。”因此，律师团队认为，税务机关不应仅凭这些个案批复作出征税决定。

其次，对于股权转让产生不动产所有权变动的行为，不应一律穿透征税。若股东转让股权的行为，是为了实现不当规避土地增值税纳税义务的，则应当否定其法律形式，按照实质课税原则课征税款。但如果纳税人有正当理由转让股权，随之发生了土地使用权转让效果，非主观避税的，则不应一律穿透股权转让课税，否则将超越实质课税原则的必要限度。从B公司的发展历程看，其最初计划自行开发涉案地块，并在2005年申请土地登记。后因资金困难，B公司与C公司共同开发，并由C公司取得土地使用权证，这一过程得到了相关部门的认可。对于C公司的引入，并非B公司私意谋划。因此，本案中股权转让导致的地块土地使用权转移，并非以实现不当规避土地增值税纳税义务为目的，不应进行穿透征税。

（四）案件启示

在实际操作中，税务机关常常会将涉及土地使用权转让效果的股权转让案件，视作土地使用权转让来征收土地增值税。为了避免在股权转让中被错误地认定为“名股实地”，并因此面临高额的土地增值税，股东可以从以下几个方面进行策略规划：首先，避免将土地价值作为股权转让价格的主要计价基础，而应采用市场法、公允价值法、收益法等公认的股权估值方法来合理确定股权价值；其次，通过调整资产结构，增加非房地产项目在公司资产中的比重，以降低因房地产项目占比较高而被税务机关认定为“名股实地”的风险；最后，如果纳税人被税务机关错误认定，可以依据税收法定原则和意思自治原则进行抗辩。如果税务机关或法院依据国家税务总局的个案批复作出决定，当事人可以指出这些批复不具有普遍适用性，以此作为反驳依据。

此外，税务稽查初期的专业介入对于企业来说至关重要。这有助于企业及早发现并解决潜在的税务问题，从而避免可能的严厉处罚和信誉受损。通过在早期引入专业税务团队，企业不仅能够确保税务合规，减少不必要的经济损失，还能展现其诚信和透明度，这对于维护与税务机关的良好关系至关重要。