编者按：土地增值税作为房地产税收体系的重要组成部分，其清算与追征环节常因规则适用引发税企争议。本文以一起天津高院（2024）津行终32号终审的房地产开发企业土地增值税清算纠纷案为切入点，聚焦清算资料提交认定、税款性质的界定及追征期起算时点三大核心争议点，结合地方征管细则与税法基础原理展开剖析，为厘清类似案件的裁判逻辑提供参考。

01元某某公司土地增值税清算争议案

（一）基本案情

2010年9月，位于天津的新开河税务所口头通知元某某公司对其开发的“金品家园”项目进行土地增值税清算。2010年10月，元某某公司委托万象税务所出具《土地增值税清算鉴证报告》。该报告载明，截至2010年8月31日，“金品家园”项目销售比例已达99.37%，应补缴土地增值税165.72万元。同年11月5日，元某某公司按报告结论缴纳165万元税款，相关缴款凭证中该笔款项被记载为“非普通住宅预征”。

2022年1月24日，新开河税务所作出津北税新通〔2022〕13号《税务事项通知书》，经审定：该项目转让房地产收入合计2.3亿元（其中普通住宅1.63亿元、非普通住宅0.67亿元），扣除项目金额合计2.04亿元（其中普通住宅1.5亿元、非普通住宅0.54亿元），应缴土地增值税税额383.24万元，应补土地增值税税额54.05万元，办理期限为2022年2月24日。

元某某公司对上述《税务事项通知书》不服，于2022年4月11日缴清全部应补税款后，向河北区税务局申请行政复议。河北区税务局经审查，决定维持新开河税务所的具体行政行为。因对复议结果仍有异议，元某某公司提起行政诉讼，一审法院判决驳回其诉讼请求。元某某公司上诉后，二审法院判决驳回上诉、维持原判。

（二）各方观点

元某某公司认为：新开河税务所口头通知其进行清算后，公司已委托万象税务所出具《鉴证报告》，并且于2011年初按要求提交全套清算资料，税务机关未提出资料不全异议，应推定清算资料已完整提交；2010年11月缴纳的165万元系依据《鉴证报告》缴纳的最终清算税款而非预缴；税务机关未在90日内完成清算审核且未在三年追征期内责令申报，案涉税款已过追征期。

税务机关认为：土地增值税清算申报需同时提交申报表、清算材料清单及相关资料，提交《鉴证报告》仅是清算申报手续的附属条件之一，元某某公司未完整提交上述材料应视为未完成清算申报；165万元在缴款凭证中明确记载为“非普通住宅预征”属预缴税款；本案不适用税收征收期限的规定，未超征缴期限。即便涉及追征期限，也应当从《税务事项通知书》确定的缴税期限届满后起算。

法院认为：元某某公司主张已按要求提交包括《鉴证报告》在内的全部清算资料，但未能提供充分证据予以证实，应视为未完成土地增值税清算申报。土地增值税清算以税务机关出具审核结论为最终程序，在未完成清算时应补税金额并未确定，期限亦未确定的情形下，不受《税收征管法》第五十二条追征期的限制，审核结论确定的期限才是追征期起算的时点。

可以看出，税企双方的争议主要聚焦于三个核心问题：其一，元某某公司是否已完整提交包括《鉴证报告》在内的全部清算资料；其二，该公司2010年11月缴纳的165万元税款，其性质应界定为清算税款还是预缴税款；其三，涉案土地增值税是否已超过三年追征期，以及追征期的起算时点应如何认定。下文将围绕这些焦点问题逐一展开分析。

02结合天津土增税征管规则应推定企业已提交全部清算材料

对元某某公司是否完整履行清算义务的认定，需结合当时有效的《天津市房地产开发企业土地增值税清算管理办法》（津地税［2010］49号）的具体规定，结合税企双方的举证能力与征管实际综合分析。

根据49号文第七条，“符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：（一）已通过竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可销售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；……”本案中，“金品家园”项目销售比例达99.37%，显然符合“可要求清算”的条件。按照规定，对确需清算的项目，主管税务机关应下达《土地增值税清算通知书》，但本案中税务机关仅以口头方式通知，相较书面通知缺乏规范性，这也为后续资料提交的争议埋下了隐患。

49号文第八条明确，土地增值税清算包括两种方式，一是纳税人自行清算，二是纳税人委托税务中介机构开展清算鉴证工作，税务中介机构受托后应按规定格式出具《鉴证报告》，对符合要求的鉴证报告，税务机关可以采信。本案中，元某某公司选择第二种方式，委托万象税务所出具《鉴证报告》，符合当时的清算模式规定。而两种清算方式的受理流程存在差异，49号文第十一条规定，“对于纳税人委托税务中介机构出具《鉴证报告》进行清算，且缴纳税款的项目，由主管税务机关管理部门对提交资料核准后，直接办理纳税手续。”这与纳税人自行清算的项目不同，税务机关无须出具《土地增值税清算受理通知书》。这一规定凸显了《鉴证报告》在当时清算程序中的重要地位，其效力显著，且具有简化清算申报和受理流程的功能。从实践来看，房地产开发企业委托中介机构出具鉴证报告，通常是认为自身已进入清算义务范畴，完成后会提交给税务机关以履行清算义务。

本案中，针对企业是否已提交清算申报的全套资料，税企双方各执一词，此时举证责任的分配成为关键。按照一般规则，举证责任虽在纳税人，但需考虑到税务机关与纳税人之间管理与被管理的不平等关系，尤其是这一资料提交行为直接关联交税性质、税款追征期等重大实体问题，本应配套更完备的规则（例如企业提交资料时税务机关出具回执），而在实际规则不完善的情况下，结合企业已提交《鉴证报告》的事实，应当推定其已提交全部材料。

从常理与征管逻辑来看，这一推定具有合理性。《鉴证报告》作为专业机构对项目收入、成本、增值额的全面鉴证，其形成必然依赖销售合同、成本凭证等基础材料，单独提交报告而缺失配套材料，既不符合中介鉴证规范，也违背企业完成清算的合理诉求。更重要的是，49号文明确税务机关需在受理后90日内组织审核，若资料不全，税务机关依法应及时要求补正。但本案中税务机关接收《鉴证报告》后，近十年未提出补正要求，这显然违反税收征管的原则。在此情况下，如若简单以企业未能举证已提交全部资料为由否定其申报行为，显然未能充分考量当时天津土增税管理文件对纳税人委托中介机构出具《鉴证报告》进行清算的受理流程的规定，也未平衡税企之间的举证能力差异。

基于《鉴证报告》与配套材料的关联性、税务机关长期未要求补正的事实，应当推定元某某公司已提交全部清算资料。税务机关若主张资料不全，需对其长期未要求补正的行为作出合理解释；无法解释的，应承担举证不能的后果。

03对165万元税款的性质应界定为清算税款

进一步需要明确的是，元某某公司于2010年11月5日缴纳的165万元土地增值税，究竟属于清算税款还是预缴税款？

《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定：“纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。”这一规定确立了土地增值税“预缴+清算”的征管模式，其中预缴是项目未竣工结算前的临时征收措施，清算则是项目符合条件后对整体应纳税额的最终核算。

此外，土地增值税在纳税义务确认上存在“一次确认”“二次确认”两个维度。与普通税款的风险导向型审核不同，土地增值税清算审核是专项全面的审核，但其本质是“二次确认”。纳税人在清算义务发生后，通过自行核算或中介鉴证确定应纳税额并申报缴纳，属于“一次确定”，是履行清算义务的核心体现；税务机关后续的审核则是对申报内容的专项复核，属于“二次确认”，而非纳税义务的唯一确定依据。

从该笔165万元税款的缴纳背景来看，其与清算程序紧密绑定。元某某公司是在委托万象税务所出具《鉴证报告》后，依据报告载明的“应补缴土地增值税165.72万元”结论缴纳该款项，金额与鉴证结论高度吻合。这一行为完全符合49号文第十一条关于委托中介机构出具《鉴证报告》进行清算且缴纳税款的项目，主管税务机关核准资料后直接办理纳税手续的规定，属于纳税人在履行清算义务过程中，通过自行申报完成的税款解缴，是清算申报程序的核心环节。可见，该笔税款的缴纳，正是企业完成土地增值税“一次确认”的标志，具备清算税款的属性。

需要注意的是，缴款凭证上“非普通住宅预征”的标注，不足以否定其清算税款的实质。实践中，缴款凭证的形式标注可能受税务系统操作习惯、信息录入简化等因素影响，存在程序性偏差，但不能替代对行为法律性质的认定。从行为目的看，元某某公司在项目销售比例达99.37%、已进入清算阶段时缴纳该笔税款，显然是针对整个项目清算结果的履行，而非销售过程中的阶段性预缴。

04涉案项目的土地增值税已经超过追征期

本案的最大核心争议在于税款追征期的适用，元某某公司主张本案已超三年追征期，税务机关则认为不适用税收征收期限规定，即便涉及追征期限，从《税务事项通知书》确定的缴税期限转日起算。要厘清这一争议，需结合《税收征管法》及其实施细则、《国家税务总局关于欠税追缴期限有关问题的批复》（国税函〔2005〕813号）等规定，结合土地增值税征管特点综合分析。

《税收征管法》第五十二条明确了税款追征期的三种情形：因税务机关责任导致未缴或少缴税款的，追征期为三年；因纳税人计算错误等失误导致的，追征期为三年，特殊情况可延长至五年；对偷税、抗税、骗税的，追征期不受限制。《税收征管法实施细则》第八十三条进一步规定，“税收征管法第五十二条规定的补缴和追征税款、滞纳金的期限，自纳税人、扣缴义务人应缴未缴或者少缴税款之日起计算。”而《国家税务总局关于欠税追缴期限有关问题的批复》（国税函［2005］813号）规定，“税收征管法第52条有关追征期限的规定，是指因税务机关或纳税人的责任造成未缴或少缴税款在一定期限内未发现的，超过此期限不再追征。纳税人已申报或税务机关已查处的欠缴税款，税务机关不受该条追征期规定的限制，应当依法无限期追缴税款。”据此，适用税款追征期的未缴少缴税款一定是未被税务机关发现的税款，已被税务机关查处的未缴少缴税款不适用追征期的约束。在土地增值税清算过程中，税务机关经过清算审核程序后认定纳税人未缴或少缴税款并作出补征税款决定，显然就构成了已查处的欠缴税款，不再受追征期的约束，自然也不存在追征期起算的问题。

具体到本案，税务机关于2022年1月24日向元某某公司送达《税务事项通知书》，通知其应当在2022年2月24日前清缴应补税款54.05万元，此时该笔税款已经构成了税务机关明知的已查处欠缴税款，不再是未被发现的税款，税务机关追征这笔税款不再受追征期的约束，所以2022年2月24日不可能是税款追征期的起算日。本案两审法院认为应当在该日起算税款追征期明显错误，与税务总局的规定相矛盾和冲突。

可以看到，判决所持观点背后的逻辑是纳税人完成清算申报后进入到税务机关的清算审核程序，而该程序不受任何期限约束，税务机关可以在三个月、六个月内出结论，也可以在三年、五年甚至十年后出结论，只要未出具清算审核结论，土增税的纳税义务就不确定，就无需适用税款追征期，这显然是错误的。结合土增税征管特点，可进一步明确追征期的适用规则，对于应当清算的项目，在清算条件成就后90日内，纳税人未完成申报的，追征期从90日期满次日起算；已完成申报缴税的，追征期从缴税日起算。对于可以清算的项目，税务机关未通知清算的，纳税义务未发生，不涉及追征期；税务机关已通知清算的，纳税人90日内未申报的，追征期从90日期满次日起算；已完成申报缴税的，追征期从缴税日起算。本案中，元某某公司在提交清算材料后，税务机关时隔十余年才作出征税文书，显然已超过追征期，其追征行为不应得到支持。

结语：税款追征期的设立，旨在敦促税务机关在法定期限内履行审核职责，既保障税收征管效率，也维护纳税人权利的稳定性。对于土地增值税而言，纳税人完成清算申报缴税后，就会出现“少缴税款”的可能情况，税务机关应当及时进行清算审核，其清算审核工作作为一项专门性的税务检查工作，应当同等受到税款追征期的约束。若税务机关怠于行使职权，超过追征期才发现少缴税款，应承担相应的不利后果。​实践中，类似案件因对清算程序、税款性质及追征期规则的理解偏差导致错判的，当事人可在判决生效后通过申诉途径维权，必要时借助专业税务律师的力量，切实维护自身合法权益。